农村宅基地房产证和城市商品房在一座建筑物内存在时，可能会存在一定的冲突。根据相关规定，农村宅基地是指农村居民集体所有的土地，用于农村居民的住房建设。而城市商品房是指在城市范围内以营利为目的，由开发商按照国家有关规定建设并销售的住宅。两者在性质和用途上存在明显的差异。首先，农村宅基地房产证是由农村集体经济组织或者农户按照法定程序取得的，用于证明其在宅基地上建造住房的权利。而城市商品房的房产证是由购房者在购房后，通过相关部门办理产权登记手续后取得的。其次，农村宅基地房产证所涉及的土地使用权属于农村集体所有，其使用权的转让、抵押等行为受到农村土地管理政策的限制。而城市商品房的土地使用权属于国家所有，其转让、抵押等行为受到城市土地管理政策的规定。最后，农村宅基地房产证和城市商品房的房产证在法律效力上存在差异。农村宅基地房产证主要用于证明农村居民在宅基地上建造住房的权利，具有相对较弱的法律效力。而城市商品房的房产证则是购房者在购房后取得的产权证明，具有较强的法律效力。综上所述，农村宅基地房产证和城市商品房在一座建筑物内存在时，其性质、使用权和法律效力上存在差异，可能会产生一定的冲突。在具体情况下，需要根据相关规定和政策进行合理的处理和解决。