关于农村土地租金被侵占的问题，若尚未整理完证据，可采取以下措施保护权益： 1. **证据收集**：尽快保存土地承包合同、租金支付记录、沟通凭证（如短信、录音等），以及证人证言。农村集体土地权属通常以承包合同为准，相关凭证是维权的关键依据。 2. **协商调解**：优先通过村委会或乡镇调解组织介入，农村土地纠纷中基层调解具有效率高、成本低的优势。若对方承认事实，可要求签署书面调解协议。 3. **法律途径**：若调解无效，根据相关规定，土地承包经营权受法律保护。即使证据不全，也可先向当地农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或向法院提起诉讼。诉讼中可申请证据保全，避免证据灭失。 4. **注意事项**：农村土地纠纷需注意诉讼时效（通常为3年），自知道权益受损时起算。涉及亲属关系时，保留沟通记录尤为重要，既能佐证事实，也可能促成和解。 建议结合实际情况选择处理方式，必要时可咨询专业法律人士。