民办学校遇到政府征收时，赔偿问题主要涉及土地、房屋及其他附属设施的补偿。补偿标准通常参照征收公告发布时的市场价格，同时会考虑学校的办学性质和剩余土地使用年限等因素。土地补偿方面，如果是划拨用地，一般按成本价扣除已使用年限后补偿；若是出让用地，则根据剩余年限的土地出让金比例核算。房屋补偿按建筑重置成新价计算，包括教学楼、宿舍等建筑物的评估价值。对于因征收造成的搬迁、临时安置等费用，征收方应当给予合理补偿。若因征收导致学校无法继续办学，还需考虑学生分流、教职工安置等衍生问题的补偿方案。实际操作中，教育主管部门通常会参与协调，确保教学秩序不受重大影响。涉及房产纠纷时，建议保留好土地证、房产证、办学许可证等材料，通过专业评估机构对资产进行估值。若对补偿方案有异议，可依法申请复核或提请裁决，必要时可通过法律途径维护权益。要注意征收程序是否履行了公告、听证等法定环节，程序合法性直接影响补偿结果的公正性。