商业用房和商住两用房在拆迁补偿标准上存在差异，主要取决于房屋性质认定和当地补偿政策。通常情况下，纯商业用房的补偿标准会高于商住两用房，因为其土地性质属于商业用地，评估时不仅考虑房屋价值，还会重点计算停产停业损失、装修价值等经营性补偿。商住两用房由于兼具居住功能，补偿项目会参照住宅标准计算居住部分价值，商业部分则按比例折算。具体补偿金额需要结合产权登记用途、实际使用情况、当地拆迁政策综合判断。有些地区会按照"就高原则"对实际用于经营的部分给予商业补偿，但需提供营业执照、纳税证明等经营佐证材料。补偿方式除货币补偿外，也可能存在产权调换方案，这时商业用房通常能置换到更好的区位。建议拆迁户仔细核对房屋权属证明记载的用途性质，同时整理好经营相关证据材料。若对补偿方案有异议，可要求评估机构说明具体计算依据，必要时通过合法渠道反映诉求。不同城市对商住房屋的补偿认定存在较大弹性，最终要以当地公布的拆迁补偿方案为准。