1. 认定是否合法:首先要确定厂房的违章性质。如果是在合法土地上因手续不全等可补办情形的违章厂房,拆迁时可能按一定比例给予赔偿。若属于严重违反规划等不可补办的违章建筑,可能不予赔偿或仅给予极少的残值补偿。2. 合法部分赔偿:对于厂房合法建设的部分,赔偿标准通常包括:房屋价值补偿:通过评估机构对厂房的建筑结构、面积、装修等进行评估,确定其市场价值给予赔偿。停产停业损失补偿:一般根据厂房的经营状况、停产停业期限等因素来计算。例如按上年度企业的利润、税收等情况,结合停产停业时长确定赔偿金额。设备搬迁、安装费用补偿:对厂房内的机器设备等搬迁所需的费用以及重新安装调试的费用进行赔偿。其他补偿:如因拆迁导致的原材料、半成品等损失的补偿等。3. 协商与法律途径:拆迁方应与厂房所有者就赔偿事宜进行协商。若协商不成,厂房所有者可通过申请行政复议或提起行政诉讼等法律途径,要求合理的赔偿。在整个过程中,要注意收集和保留相关证据,如厂房建设审批文件、经营记录、设备清单等,以维护自身合法权益。