这种情况确实比较棘手,但也不是完全没有办法。我建议可以从以下几个方面着手:首先,要尽快收集能证明房屋权属的证据。比如找村里老一辈的知情人士作证,看看能不能找到当年建房时的相关材料,或者村里关于宅基地分配的记录。如果能找到当时的建房审批手续就更好了。其次,关于房屋改建的问题。虽然房屋被改建过,但宅基地使用权和房屋所有权是两回事。根据《土地管理法》相关规定,宅基地使用权通常是以户为单位取得的。可以查查当初宅基地是登记在谁的名下。再者,建议尽快向乡镇政府或县国土部门反映情况,要求他们调查处理。根据《不动产登记暂行条例》,不动产登记机构在受理登记申请时应当进行实地查看。最后,如果协商不成,可以考虑通过法律途径解决。可以向法院提起确权诉讼,由法院来认定房屋的归属。建议你们先抓紧时间收集证据,同时向村委和乡镇政府提交书面异议。如果对方已经办理了确权登记,还可以在登记公示期内提出异议。需要的话,我可以帮你们起草相关的法律文书。