这种情况下,如果是确权,只能确权一处土地。

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夫妻双方各自持有宅基地的情况需要结合户籍和婚姻关系来分析。您和现任丈夫属于合法婚姻关系，两个孩子分别登记在双方原户籍下，这种情况在农村宅基地确权中比较常见。根据相关规定，农村宅基地是以户为单位进行分配和确权的。您和孩子的户口在一起，原则上可以认定为一个独立的农户资格，您丈夫和另一个孩子构成另一个农户资格。只要双方婚前各自取得的宅基地符合"一户一宅"原则，且用地面积不超过当地标准，两个宅基地都可以保留。需要注意的是，宅基地使用权不能直接通过婚姻关系发生转移。双方婚后若想对宅基地上的房屋进行处置，需要区分婚前个人财产和婚后共同财产。对于宅基地上新建或翻建的房屋，若使用家庭共同资金建造，可能涉及共有产权问题。建议双方持身份证、户口本、结婚证、宅基地使用权证等材料，到当地自然资源和规划部门查询具体登记情况。若存在权属不清的问题，可申请办理确权登记手续。各地对于婚嫁人口宅基地政策执行存在差异，具体操作要以当地政府最新规定为准。