13号线不是为世博会专门建设的，只是在世博期间开放5个站，过度浦西和浦东用，其他还在建设中。上海轨道交通13号线，编号M5，为上海其中一条建设中的轨道交通路线。综合铁道第四勘察设计院于2007年6月发布的资料[1]及上海市环境保护宣传教育中心于2005年11月11日发布的资料[2]，十三号线由嘉定区江桥镇华江路站至浦东新区御桥华夏中路站（未计算位于张江功能区内的4个车站），线路全长33.6千米，均为地下线，共有27个地下车站和2个车辆段（若包括位于张江功能区内的4个车站则为31个车站），分别为北翟路停车场（与二号线共用）及川杨河辅助停车场，全线工程总投资为198.68亿元人民币。按照规划，工程将分二期进行，但实际分四期建设，淡水路站至长清路站区间及车站作为世博专用联络线，提前建设，其中马当路站至世博大道站计划于2010年世博期间开通，世博会后是否继续运营目前仍没有确切消息。一期工程（第二期建设）由华江路站至南京西路站，线路全长15.9千米，共设14个地下车站，已于2008年12月28日开工[3]，计划于2012年开通[4][5]；而南京西路站至马当路站作为“世博园区专用交通联络线工程调整”范围，已于2009年6月25日贴出环评公示[6]，作为第三期建设项目，其预计通车时间预计将在第二次环评公示时公布，规划二期，即最后建设的工程为由长清路站延伸至张江路站的线路，为2010~2020年规划建设线路[7]。根据同济大学于2009年5月31日在上海环境热线网站发出的“浦东软件园C地块项目环境影响评价公示”，13号线二期在张江功能区内沿中科路铺设，最后四个车站名称分别为科苑路站、金科路站、哥白尼路站及张江路站[8]。世博专用线十三号线其中五个车站（新天地站、马当路站、卢浦大桥站、世博大道站、长清路站）属于2010年世界博览会的“世博专用线”（或称“世博过江段”），马当路站至世博大道站段（卢浦大桥站仅限下车）计划2010年4月投入运营[9]，作为世博园内专用轨道交通。在世博会期间此段线路将不纳入轨道交通运营网络，而是凭世博会门票免费乘坐。此区间由上海建工（集团）总公司于2007年3月以13.38亿元人民币的投得建设权；工程竣工并试运营一年后，则会由招标人回购[10][11]。 未来换乘车站华江路站 - 与17号线换乘 祁连山南路站 - 与16号线换乘 大渡河路站 - 与15号线换乘 金沙江路站 - 与3号线及4号线换乘 隆德路站 - 与11号线换乘 武宁路站 - 与14号线换乘 长寿路站 - 与7号线换乘 汉中路站 - 与1号线及12号线换乘 南京西路站 - 与2号线及12号线换乘 新天地站 - 与10号线换乘 马当路站 - 与9号线换乘 长清路站 - 与7号线换乘 成山路站 - 与8号线换乘 东明路站 - 与6号线换乘 莲溪路站 - 与18号线换乘 历史2007年3月：上海建工（集团）总公司于以13.38亿元人民币的投得世博专用线建设权[11]。 2007年9月：国家环境保护总局环境工程评估中心在上海市召开《上海市轨道交通13号线工程环境影响报告书》技术评估会[2]。 2009年3月22日，马当路站至长清路站双线贯通[12]。 2009年7月30日，淡水路站至长清路站世博段全线贯通[13]。 2009年9月5日，轨交13号线一期（南京西路站至华江路站)建设开始[14]。 2010年1月10日，轨交13号线世博“马当路―长清路”专用线首列列车顺利实现上线，标志此线路由建设阶段转入通车调试阶段。[15]。

十三号线其中三个车站（卢浦大桥、世博园、长清路）及淡水路―长清路四个全长约5公里的地铁隧道区间，属于2010年世界博览会的「世博专用线」（或称「世博过江段」），计划2010年初提早投入运营，以便开幕前建成启用，作为世博园内专用轨道交通。在世博会期间此段线路将不纳入轨道交通运营网络，而是凭世博会门票免费乘坐。