广州住房公积金管理中心官网有这样的回复：您好！不影响，主贷款人账户余额不足还款时，会从次贷款人或另一提取人账户中扣除，仍不够扣的，可提前办理补缴。采用按月还贷方式偿还公积金贷款的，公积金缴存账户作为唯一还款账户，借款人应及时关注用于还贷的各住房公积金账户的缴存和还贷情况以确保有效扣款。如公积金账户余额不足的，建议在还款日前及时通过办理补缴业务补足资金。可登录“广州住房公积金管理中心”微信公众号办理，也可提供身份证明（原件）、活期储蓄存折（卡）（原件），到中心各办事处、管理部办理。线上办理需操作添加个人子账户（已有子账户的可忽略此步骤）、个人委托扣款登记（已办理个人委托扣款登记的可忽略此步骤）和补缴业务，将差额部分补缴入个人公积金账户，以保证账户余额足够偿还贷款。具体操作详见微信公众号（缴存业务）操作指引注意：一般工作日当天14:00以前办理的补缴当天到账，14:00以后办理的补缴到账时间顺延到下一工作日（工作日为非周末、法定节假日时间，周末法定节假日不进行业务记账）。广州住房公积金管理中心