根据相关规定，土地确权是指政府依法对土地的权属、界址、面积和土地权利人等进行调查核实，并予以登记备案。在您所描述的情况中，村支书写的土地调解协议签字按手印了，而土地确权在您父亲名下，协议内容是关于老人遗留土地给兄弟分割的情况。首先，需要明确的是土地确权是依法进行的，而协议内容则是在家庭内部的协商约定。土地确权是由政府机构进行的，具有法律效力，而协议则是民间协商的结果。在法律上，土地确权登记在您父亲名下，意味着该土地的所有权属于您父亲，协议内容则是家庭内部的约定。因此，协议生效与否，需要根据具体情况来看，如果协议内容不违反相关法律规定，各方当事人自愿并能履行协议，且不存在其他纠纷，协议可以生效。但需要注意的是，土地确权是具有法律效力的，任何协议不得违反土地确权的法律规定，以确保土地权益的合法性和稳定性。因此，建议您在处理相关事务时，可以咨询专业律师或相关部门，以获得更为准确的法律指导和建议。