针对商品房买卖合同纠纷中的违约金计算问题，首先需要明确的是，根据相关规定，买卖双方在签订合同时通常会约定好违约金的计算方式及标准。一般来说，如果购房一方逾期未付首付款或者逾期交付房屋，导致合同无法履行，卖方有权要求购房一方支付违约金。违约金的计算通常是按照合同约定的标准来执行，如果合同没有具体约定，一般可以根据实际损失情况来进行协商或者根据法律规定的违约金上限来确定。对于违约金的计算，一般可以采取固定金额、按日计算、按逾期未付款额的一定比例等方式。在实际操作中，双方应当严格按照合同约定执行，避免发生违约情况。如果确实出现违约，应当及时协商解决，避免纠纷扩大。在处理违约金计算问题时，建议购房者和卖方双方保留好相关证据，以便在需要时能够依法维护自身权益。综上所述，针对商品房买卖合同纠纷中的违约金计算问题，关键在于合同约定和双方协商，双方应当遵守合同约定，如有争议可协商解决或寻求法律援助。