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公司搬迁涉及到房产纠纷时，赔偿的具体方式根据相关规定来确定。一般情况下，赔偿的原则是保护双方的合法权益，维护公平公正的原则。首先，需要明确搬迁是否符合法律法规的规定，是否经过相关部门的审批。如果搬迁符合规定，那么赔偿的方式一般会以协商为主，双方可以通过协商达成赔偿协议。赔偿的内容可以包括但不限于以下几个方面：1.房屋补偿：如果公司搬迁导致房屋被拆迁，根据相关规定，拆迁补偿一般包括房屋的评估价值、过渡期的租金补偿等。2.设备设施补偿：如果公司搬迁导致设备设施无法继续使用，根据相关规定，可以协商补偿设备设施的价值或者提供相应的替代设备。3.人员安置补偿：如果公司搬迁导致员工无法继续工作，根据相关规定，可以协商提供相应的人员安置方案，包括岗位调整、培训、补偿等。其次，如果搬迁不符合规定，可能会涉及到违法违规行为。在这种情况下，赔偿的方式可能会受到法律制裁。受影响的一方可以通过法律途径维护自己的权益，包括但不限于起诉、申请行政复议等。总之，在公司搬迁涉及房产纠纷时，赔偿的方式应根据具体情况和相关规定来确定，双方可以通过协商或者法律途径解决争议。建议双方保持沟通，寻求公平合理的解决方案。