根据相关规定，基本农田是指国家确定的保护农业生产、维护粮食安全和生态安全的土地。宅基地是指农村集体所有的，供农民居住和生产经营的土地。在申请扩建房屋时，如果你的宅基地被政府部门认定为基本农田，那么扩建房屋的申请可能会受到限制。首先，你可以了解政府对基本农田的保护政策以及宅基地的利用政策。不同地区的政策可能有所不同，你可以咨询当地政府部门或者村委会了解相关规定。其次，如果你确实有扩建房屋的需求，你可以向政府部门提出申请，说明你的具体情况和需求，并提供相关证明材料。政府部门可能会对你的申请进行评估，考虑基本农田保护和土地利用的平衡。最后，如果政府部门拒绝了你的扩建申请，你可以咨询专业的律师或房产顾问，了解是否有其他合法的解决方案。他们可以帮助你分析你的权益和可能的可行性，提供专业的法律建议。总之，在遇到宅基地被认定为基本农田而申请扩建房屋受限的情况下，你可以通过了解政策、提出申请并咨询专业人士来寻求解决方案。