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根据相关规定，拆迁后对于房产的分配需要根据拆迁办的要求进行操作。根据您的描述，您后爸的房子在拆迁后被分成了三份，其中一份中有35平方米的违章建筑赔付给了小女儿。那么，关于您后爸写的那份房产份额是否有效的问题，需要考虑几个因素。首先，我们需要了解相关法律规定对于违章建筑的处理方式。根据相关规定，违章建筑是指未经批准或者未按照批准的建筑工程项目施工的建筑物。在拆迁过程中，违章建筑的赔偿通常是按照相关政策进行，可能会有相应的罚款或者拆除要求。其次，我们需要考虑拆迁后的房产分配问题。根据您的描述，您后爸的房子在拆迁后被分成了三份，其中一份中有35平方米的违章建筑赔付给了小女儿。在这种情况下，您后爸写的那份房产份额是否有效，需要看具体的拆迁协议或者协商结果。如果在拆迁过程中，相关部门或者拆迁办明确规定了违章建筑的赔偿方式，并且您后爸的房产份额已经写明了这一情况，那么可以认为这份房产份额是有效的。总的来说，拆迁后的房产分配涉及到多个因素，包括违章建筑的处理方式、相关政策和拆迁协议等。建议您查看相关的拆迁协议或者咨询拆迁办，以了解具体情况并确定您后爸写的那份房产份额的有效性。