转让该土地使用权,属于营业税—转让无形资产行为,适用5%的税率。按照《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》(财税[2003]16号)第三条第(二十)款规定,“单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权、以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。单位和个人销售或转让抵债所得的不动产、土地使用权的,以全部收入减去抵债时该项不动产或土地使用权作价后的余额为营业额。”贵单位属于抵债取得土地使用权,所以该环节的应税营业额应该为40万元(100万元-60万元)。相关的城市维护建设税及教育费附加按当地适用税率计算。另外,贵单位的转让土地使用权环节有增值,适用土地增值税——转让国有土地使用权税目,增值率为66.7%,适用30%、40%两档税率。用速算扣除办法计算应纳土地增值税为40×40%-60×5%=13(万元)。当然,转让收入还要作为企业当期收入计算缴纳所得税。