1）获得土地的方式不同，经济适用房建设用地实行行政划拨，免交土地出让金；商品房采用出让方式须交纳土地出让金； 2）成本结构不同； 3）租售政策不同，经济适用房只售不租，商品房不受限制；购买条件和对象不同，经济适用房享受政府优惠，其购买对象是特定的，只供给城镇中低收入家庭，因而要实行申请审批制度，商品房购买对象和条件不受限制； 4）价格政策不同，经济适用房出售实行政府指导价，不得擅自提价出售。商品房出售价格完全由市场决定。

经济适用住房是指已经列入国家计划，由城市政府组织房地产开发企业或者集资建房单位建造，以微利价向城镇中低收入家庭出售的住房。 它是具有社会保障性质的商品住宅。具有经济性和适用性的特点。经济性是指住宅价格相对于市场价格而言，是适中的、能够适应中低收入家庭的承受能力适用性是指在住房设计、单套面积设定及其建筑标准上强调住房的 实用效果。 经济适用住房的价格按建设成本确定。建设成本包括征地折让费、 勘察设计及前期工程费、建安费‘小区内基础设施配套建设费、贷款利息、税金、1％一3％的管理费。经济适用房以微利价出售。只售不租。其 成本价由 7项因素（征地折迁费‘勘察设计费、配套费、建安费、管理费。 贷款利息、5％以内的利润）构成。出售经济适用房实行政府指导价其售 价由市、县人民政府根据以上几项因素综合确定。并定期公布不得擅自提价销售。 经济适用房和普通商品房最大的区别有：1、土地是划拨而非转让，所以经济适用房买到的时候没有土地使用权；2、经济适用房的面积套型都有国家严格的规定；3、经济适用房的购买必须满足国家相应的规定，也就是人均居住面积和家庭人均收入必须达到当地的相应标准；4、经济适用房的价格执行政府指导价，开发商不能随意定价、调价；5、经济适用房在不同地区在转让中有不同规定，一般都是在一定年限中不允许转让；6、经济适用房在转让中需向国家补缴土地出让金。