关于以租代征的合法性问题，需要结合土地管理的基本原则来分析。根据相关规定，国家征收土地必须经过合法审批程序并给予补偿，任何形式的"以租代征"实质上规避了法定征收程序，属于违法行为。您提到的公路建设项目中，转盘、隧道等配套设施占用粮田却未纳入正式征用范围，反而采取租赁形式，这种做法存在明显问题。土地用途变更必须履行报批手续，农用地转为建设用地需办理转用审批。租赁农田用于永久性基础设施建设，实质上改变了土地用途，违反了土地用途管制制度。对于项目方而言，以短期租赁形式占用农田可能涉及以下违规点：一是未批先用土地，二是变相规避征地补偿标准，三是可能造成耕地资源流失。被征地农民有权要求依法补偿，若发现此类情况可向自然资源主管部门反映。实际操作中，部分地方确实存在将项目配套用地"化整为零"处理的现象，但这与现行土地管理制度相违背。建议核实该项目是否取得完整的用地审批文件，特别注意农用地转用和土地征收两道审批手续是否齐全。