宅基地红线图合并登记是否合理需要结合具体情况分析。从产权角度看，宅基地使用权以户为单位分配，即便户口分立，只要两处房屋仍在同一宅基地范围内，且未超出当地规定的宅基地面积标准，合并登记具有合理性。实际操作中，若两套房屋由同一家庭建造且未进行过分户确权，土地管理部门通常按原始审批范围登记。但若两套房屋已明确分配给不同户口且长期独立使用，建议向当地自然资源部门申请分户测绘。需注意，各地对宅基地分户政策执行标准不一，有的地区允许"一户一宅"分户，有的则要求先完成房屋产权分割。建议携带建房审批材料、户口簿等原件，到属地乡镇国土所查询原始档案，核实宅基地审批时的户情信息。对于房屋面积差异问题，只要总用地面积符合规定，不同建筑体量不影响宅基地的整体性。若涉及拆迁补偿，补偿权益通常按实际建筑面积计算，与宅基地登记方式无直接关联。存在争议时可申请宅基地使用权确权，通过调解或行政复议途径解决。