对于祖孙三代在生态环境保护区原宅基地重建房屋的问题,我们可以依据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定来分析其法律适用。《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定:“农村村民建住宅,应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划,不得占用永久基本农田,并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地,改善农村村民居住环境和条件。”在本问题中,祖孙三代的原宅基地位于生态环境保护区。生态环境保护区的规划通常会对土地利用进行严格限制,以保护生态环境。如果该原宅基地的重建不符合当地的乡(镇)土地利用总体规划和村庄规划中关于生态环境保护区的要求,那么根据上述法律规定,国土部门有权不予批准重建申请。因为法律明确要求农村村民建住宅必须符合相关规划,而生态环境保护区的规划可能将该区域划定为禁止或限制建设区域,所以在此情况下不让在原宅基地重新建房是有法律依据的。