关于已清算房地产项目的土地增值税缴纳问题，需结合清算结果和后续交易情况处理。若项目已完成清算，开发商应根据清算报告确定的应纳税额，在规定期限内向税务机关足额缴纳。清算后若发生房产转让，需区分两种情况： 一是清算时已售部分。这部分在清算阶段已纳入计算，后续无需重复缴纳土地增值税，但需留存清算资料备查。 二是清算时未售部分。转让这类房产时，应按单位建筑面积成本费用乘以销售面积计算扣除项，再根据增值额适用超率累进税率补缴税款。计算公式为：补缴税额=（转让收入-扣除项目金额）×适用税率-速算扣除数。其中扣除项目金额=清算时单位建筑面积成本费用×转让面积+转让环节税费。 需注意，若清算后项目整体出现亏损或退税情形，可按规定申请退税或抵缴。实际操作中需提供清算报告、销售合同、付款凭证等材料，并与税务机关保持沟通。 对于企业兼并重组等特殊情形，若符合相关规定，可能享受暂不征收或减免政策，但需提前完成备案手续。建议结合具体案例咨询专业税务人员。