土地增值税的计算主要依据土地增值额和适用税率。土地增值额是指转让房地产取得的收入减去取得土地使用权支付的金额、开发成本、费用等扣除项目后的余额。实际操作中需要分步计算：先确定转让收入，再核实扣除项目金额，最后按超率累进税率计算税款。扣除项目主要包括取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金等。其中开发费用若不能按实际发生额计算，可按取得土地使用权金额和开发成本之和的5%以内扣除。税率采用四级超率累进税率：增值额未超过扣除项目金额50%的部分税率为30%；超过50%未超过100%的部分税率为40%；超过100%未超过200%的部分税率为50%；超过200%的部分适用60%的税率。计算时要注意区分不同档次分别计算再累加。对于纳税人建造普通标准住宅出售的情况，若增值额未超过扣除项目金额20%的可以免征土地增值税。各地税务机关对具体计算口径可能有些许差异，建议提前咨询主管税务机关。