农村自建房拆迁补偿主要依据房屋结构、面积、建造年代及当地政策综合确定。三层自建房在补偿时，通常需要核实每层建筑是否持有合法审批手续，有证面积和无证面积的补偿标准存在差异。对于2008年《城乡规划法》实施前建造的历史遗留无证房屋，部分地区会按一定比例给予补偿；而之后新建的无证楼层，可能仅补偿建筑成本。补偿方式一般分为货币补偿和产权调换两种。货币补偿会参考周边商品房价格，结合房屋重置成新价计算；产权调换则按"拆一还一"原则，但具体置换比例需看地方细则。需特别注意，装修附属物、搬迁费、临时安置费等都属于可主张的补偿项目。遇到补偿争议时，建议先向当地征收部门索要完整的补偿方案文件，核对房屋测绘数据和评估报告。若对评估结果有异议，可在收到报告10日内申请复核。协商不成时，可通过行政复议或诉讼途径维权，但要注意60日的复议时效和6个月的起诉时限。实际操作中，建议保留好建房审批材料、房屋照片等原始凭证。