广州住房公积金管理中心官网有这样的回复：您好！系统不会自动从您的银行账户划扣还款资金，需要您主动操作补缴业务。公积金账户余额之和不足以偿还当期贷款本息的，差额部分应在还款日前至少提前3个工作日将差额部分缴入住房公积金账户。根据您的描述，若您已设立个人子账户和已办理托收登记业务，因偿还住房公积金贷款办理补缴时，补缴原因选择“补冲还贷”。个人补缴操作步骤：1.在主页面选择“缴存业务-个人补缴”，进入个人补缴界面。2.选择补缴原因，录入补缴金额，点击“付款”、“确定”，完成补缴操作。注意事项1、补缴金额只能录入整数。2、补缴业务提交成功后，在资金未到达缴存人住房公积金账户前，暂不能办理下一次个人子账户的缴存业务。3、申请贷款时，补缴不作为连续缴存的依据。在工作日16点后办理的汇补缴，资金将于下一工作日到账。因人行清算中心晚上22点至凌晨2点间停止接收清算数据并导致支付失败，所以请不要在此段时间内办理汇补缴。如通过微信公众号办理，具体操作详见微信公众号操作指引