一、贷款对象有所不同。住房公积金管理机构发放的住房抵押贷款的对象是住房公积金的交存人和汇交单位的离退休职工，其贷款的对象必须具备下列条件： 1、持续缴存6个月住房公积金或已累计缴存24个月以上且目前还在继续缴存。 2、具有稳定的职业和收入，有偿还贷款本息的能力。 3、具有购买住房的合同或有关证明文件。 4、提供住房资金管理中心及所属分中心同意的担保方式。 5、符合住房资金管理中心规定的其他条件。 而一般的金融机构发放的住房抵押贷款对象应是具有完全民事行为能力的自然人，即不限于住房公积金的交存人和离退休职工，也就是说其对象的范围大于前者。 二、贷款额度有所不同。一般的金融机构发放的住房抵押贷款的最高贷款额不得超过购房款的80％。 三、贷款手续不同。公积金贷款必须先到住房资金管理中心进行申请，接受住房资金管理中心的初审，初审合格后由住房资金管理中心出具证明，方可办理公积金贷款。因此公积金贷款的手续较一般住房贷款的手续更为复杂。商业贷款在借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料即可办理。 四、贷款利率不同。公积金贷款的利率是按照国家规定在住房公积金计息利率的基础上加规定利差。 五、公积金贷款比商业贷款多了评估费。商业贷款不需要评估，但用公积金贷款购买商品房，目前必须进行评估，交纳评估费。商业贷款比公积金贷款多了律师费。商业贷款委托律师事务所对借款人进行资信调查，律师收取4‰的律师费，公积金贷款则不需个人交纳律师费。 从以上分析可以看出，虽然住房公积金管理机构对贷款的对象进行了限制，只限于住房公积金的交存人和离退休职工。贷款手续也比较麻烦一点，但是住房公积金管理机构发放的抵押贷款比一般金融机构发放的住房抵押贷款的利率要低一些，因此，它仍是一种十分优惠且受老百姓欢迎的贷款形式。

利率上有区别，商业贷款是执行基准利率或在基准利率上浮，公积金贷款因为属于工资福利性质，利率低于尚待利率。按照现在的政策，商贷的基准利率是7.05%，公积金贷款5年以上利率是4.9%，组合贷款是公积金贷款和商业贷款的组合，公积金贷款部分按照公积金的利率执行，商业贷款部分按照商业贷款的利率执行。