如果严格按照规划的规定,那么,在建好的楼房的屋顶加盖房屋是违规的。由于历史原因,加盖的房屋没人管,就变成遗留问题了。但是,建时没人管、现状存在、大家都盖,也不代表那个房屋有合法性。合法不合法,要看符不符合政府规划及有没有房产证。现在有人管了,并且是免费建好,一般来说是政府主导的,应该是办理了规划审批手续。好消息就是那个新建的房屋变成合法的了,以后不会再有人质疑什么了。另外,楼的高度、楼与楼的距离都是有规定的,是为了满足你的楼房周围的房屋,特别是北侧房屋的日照采光要求。任意增加高度,在楼顶盖房,除了增加楼体承重,有不安全因素外,甚至可能影响整个楼的防水,也可能因此对你北侧房屋或楼的一层或二层造成遮挡,影响人家的日照采光时间长度,所以新建房屋变小,可能有这方面的考虑。屋顶的保温、防水问题,在楼的设计阶段就已经考虑了,施工也会有的。如果时间长了,出现了问题,应该是由楼房的主管单位或物业部门负责维修。你因保温、防水问题就加盖,只有合理性,但不存在合法性。此次建新的房屋,保温、防水应该是会综合考虑的。如果此次房屋是统一建设的,相关部门估计是考虑到这一片楼的整体美观、城市的形象。所以,这次统一改造,作为主管部门,应该是综合考虑了规划、防水、保温、日照、城市形象,还要考虑资金,最关键的,也考虑了现状民众的使用需求,并没有一刀切的全部拆除。所以应该是比较全面的。但凡事不可能每个人都合适,只能你理性考虑了。对于你的影响,最主要是面积小了,影响使用,并且在建设期间也会带来生活的不便。如果建的房屋比现在还大,而且免费,我阴暗的想,你可能就不会有问题了。呵呵。最后,还是要靠你自己理性思考。

这个问题国家早就有规定的,但各省也自己的规定,你的问题应该找律师详细的咨询一下,他会帮助你解决你的困惑的。

可以申请建设部门进行拆除。