你好,事情没你想的那么复杂。首先需要明确的是,房屋买卖合同是你同破产管理人签订的,所以,本案复杂的法律关系都是建立在购房合同这一买卖关系基础之上的。也就是说破产管理人是卖房人,你是买房人,至于工程款方、法人代表都与你没有直接关系,这两方所起的作用也就是相当于破产管理人指定的房款接收人,所以,只要有合法有效的合同,只要你按照要求支付了款项,那么你就有权取得房屋的所有权。1、企业破产程序启动之后,企业由破产管理人实际管理,所以,你同破产管理人签订的购房合同是合法有效的。2、抵债单据、跟法人代表签订的协议、你给协议指定帐号打款的凭证,这三个证据形成一个完整的链条,可以证明你依约打款了。需要注意的是,抵债单据晚于合同签订日期,这个我认为很符合逻辑。你同破产管理人签订了购房合同,按照购房管理人的要求将款项支付给工程款方,工程款方出具抵债凭据,很正常呀。正常的购买商品房不也是先签合同,再交首付款吗,所以,我认为没有问题的。3、工程款公司有案子、法人代表有案子,都不影响你与破产管理人之间签订的购房合同的效力,你与工程款方签订的合同,双方都是基于诚实信用原则签订的,并不是恶意串通,你也实际支付了相应的款项,根据《合同法》第52条规定,你们不存在合同无效的情形,所以,你与工程款公司的合同也是合法有效的。4、关键的两个合同,购房合同和与工程款方签订的协议,都是合法有效的,你的利益也就有了保障,我觉得你压力太大了,所以想的比较多。5、如果你还是不放心的话,可以要求工程款方提供一份与破产管理人(也有可能是与破产管理人前身即楼盘开发商)签订的抵债协议,并要求工程款方和破产管理人盖章确认。

是的，很复杂，风险极大，最好不买了。

委托律师代理置业。