1.普通住宅与非普通住宅分开核算是有其政策目的的,一是可以对普通住宅给予适当优惠,鼓励普通住宅建设;二是对非普通住宅更好地发挥税收调节作用,以免不分开核算影响土地增值税的调节力度。此外,纳税人在向规划、建设、税务部门报送报建项目时,并不能预计普通住宅的增值率为负数,如果允许混算,将加大纳税人税收筹划空间。2.土地增值税以国家有关部门核发的“建设工程规划(临时)许可证”确认的房地产开发项目为单位进行清算。二、关于同一清算单位的房地产项目中包含不同类型房地产应如何计算土地增值税的问题根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第一条和《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》(国税发[2009]91号)第十七条的规定,对同一清算单位的房地产项目中同时包含普通住房和非普通住房的,应该分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率,征收土地增值税。纳税人在申报土地增值税清算时,未分别计算普通住房和非普通住房增值额、增值率的,税务机关审核时,应分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率,征收土地增值税。普通住房的增值额未超过扣除项目金额百分之二十的,免征土地增值税。