在建工程是尚在建造中的房屋，即使按《物权法》第三十条的规定，也要待房屋建成后，建造单位才取得房屋所有权。因此，在建工程抵押与房地产抵押有较大的区别。 因为在建工程抵押的特殊性，《城市房地产抵押管理办法》对在建工程所担保的债权和债权人都进行了限制，在登记方式上，也区别于房地产抵押登记(登记机关只在抵押合同上作记载，不发他项权证)。但随着《物权法》将“正在建造的建筑物”纳入可以抵押的财产，对在建工程所担保的债权范围及登记方式都有所改变，对在建工程所担保的债权和债权人不应再进行限制。 由于在建工程抵押与房地产抵押毕竟存在着区别，所以，《房屋登记办法》规定了：“在建工程竣工并经房屋所有权初始登记后，当事人应当申请将在建工程抵押权登记转为房屋抵押权登记。” 《担保法》并未规定在建工程可以设定抵押。开发商以在建的商品房作为在建工程抵押弊病很大，以笔者的观点是主张限制止。因为在建的商品房即便抵押以后，也不一定能行使抵押权 (排在其前优先行使优先受偿权的有买房人的买房款和施工单位的工程款)。但《物权法》已规定了在建工程抵押，因此，对手续齐全、符合规定的，登记机构应当予以办理。