土地使用权设定抵押以后，在该土地上建成房屋的，并不影响房屋所有权人申请房屋所有权登记。在房屋建成后，土地使用权仍然处于抵押状态的，该房屋也不属于抵押物(因为该房屋是在国有土地使用权设定了抵押以后才建造的，这在表面上看起来房、地权利已经分离。而实质上，房屋所有权和该房屋占有范围内的权利主体仍然是一致的。因为在处分抵押物时，无论是依据房、地产权利主体一致的原则，还是考虑到实际的使用状况，都应当将房屋所有权和土地使用权同时处分。如果该项抵押权毋须行使，则房屋所有权和土地使用权仍然是权利主体一致)，或不完全属于抵押物(在抵押时已开始建造)。但由于房地产权属登记应遵循房屋所有权和该房屋占用范围内的土地使用权权利主体一致的原则，因而，这类房屋所有权在转移时，与土地使用权未设定抵押的房屋有一定的区别。登记机关在办理转移登记手续时，也应能较为方便地将两者区分开来。 如果是房、地合一管理的登记机关，在房屋所有权人申请登记时，房地产权证上已能反映出抵押情况。如果房、地分属两个部门管理，对土地使用权已设定抵押的房产在登记时，应在有关的登记文件中作相应的记载。以示区别(建设部印发的《简化房地产交易与房屋权属登记程序的指导意见》中，在房屋产权转移登记时，没有将国有土地使用证作为必要收件。而在该项房屋所有权转移时，是先办理房屋所有权证，再凭该房屋所有权证办理土地使用权变更登记。如没有区别，则登记机关无从分辨)。但不宜在权属证书上记载“限制转移”等字样，而可以在登记文件中作有关的注记，并利用登记机关的计算机系统进行识别。 该房屋所有权人如果将此一房屋再次设定抵押，应视为是以该房地产价值的余额部分再次设定的抵押。《担保法》明文规定财产的价值大于所担保的债权的余额部分可以再次抵押，除了再次抵押担保的债权不得超出余额部分以外，并无其他的限制条件。 《城市房地产抵押管理办法》第九条规定了“同一房地产设定两个以上抵押权的，抵押人应当将已经设定过的抵押情况告知抵押权人”，这里的“抵押权人’’应是再次设定抵押的抵押权人，而非原抵押权人。因为原抵押权人是抵押当事人之一，对“已经设定过的抵押情况”十分清楚，毋须对其告知。而告知后一个抵押权人则是必要的，因为牵涉到优先受偿的位次性，一定程度上还存在抵押权不能实现的可能。而对于原抵押权人，即便要告知，也只是“告知’’而已，而不要取得其同意。因此，原抵押权人不同意是没有根据的。 所有权包括对所有物占有、使用、收益和处分的权利，对其中任何一项权利的侵犯都构成对所有权的侵犯。他项权利人不同意其再次设定抵押，也属侵权行为。但登记机关毋须参与当事人的民事纠纷，可由当事人自己选择纠纷的处理方法。